前總統陳水扁卸任後，從總統府帶走兩萬多件機密公文，遭到特偵組起訴，雖然沒有具體求刑，但最高可以判處7年6個月有期徒刑。特偵組指出，陳前總統為了撰寫回憶錄，以及蒐集對其他政治人物不利的資料，把辦案的機密公文都帶走，其中也包括另一位前總統李登輝。由於起訴陳水扁的時機相當敏感，正好在520馬總統連任就職、聲望低迷的隔天，特偵組說，沒有特殊考量。而陳前總統早已入獄服刑，現在又追加一件侵占機密公文的官司，無疑是，雪上加霜。
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